Если гипогонадизм представляет собой следствие недостаточной секреции гонадотропинов, то его называют гипогонадотропным. Такой гипогонадизм - это результат недостаточной секреции лютеинизирующего и фолликулостимулирующего гормонов как причины патологически низкой секреции тестостерона, вызывающей синдром гипогонадизма (евнухоидизма). В частности от гипогонадотропного гипогонадизма страдают больные с синдромом Кальмана, при котором выявляют недоразвитие обонятельных долей головного мозга, отсутствие обоняния (аносмию), а также врожденное расщепление неба. В основе гипогонадотропного гипогонадизма при синдроме Кальмана лежит врожденная недостаточность (отсутствие) синтеза гонадолиберина в гипоталамусе.
Если возраст больного с гипогонадизмом меньше, чем 20 лет, то вывод об эндокринопатии как о причине задержки полового созревания может быть преждевременным. Дело в том, что в отдельных случаях половое созревание завершается в возрасте 20 лет.
Одной из причин гипогонадотропного гипогонадизма является панги-попитуитаризм.